Το Callisto Protocol διαδραματίζεται 300 χρόνια στο μέλλον, ο παίκτης θα αναλάβει το ρόλο του Jacob Lee, που ρίχνεται στη φυλακή Black Iron Prison, ένα σωφρονιστικό ίδρυμα υψίστης ασφαλείας που βρίσκεται στο φεγγάρι του Δία, Callisto. Όταν οι τρόφιμοι αρχίζουν να μεταμορφώνονται σε τερατώδη πλάσματα, η φυλακή πέφτει στο χάος. Για να επιβιώσει, ο Τζέικομπ πρέπει να παλέψει για να ξεφύγει από τη φυλακή Black Iron, ενώ αποκαλύπτει τα σκοτεινά και ανησυχητικά μυστικά.