Αυτή είναι η ιστορία μιας απροσδόκητης συνάντησης μεταξύ του Mario και των ασεβών Rabbids. Το Βασίλειο των Μανιταριών έχει διαλυθεί από μια μυστηριώδη δίνη, μεταφέροντας τους Rabbids στην κάποτε ειρηνική περιοχή, κατακερματίζοντας αυτή την αγαπημένη γη. Για να επαναφέρουν την τάξη στο βασίλειο, ο Mario, ο Luigi, η Princess Peach και ο Yoshi συνεργάζονται με τους ήρωες των Rabbids σε ένα ταξίδι σε τέσσερις διαφορετικούς κόσμους.